Der 3DS ist kleiner, mobiler und vor allem deutlich günstiger (erst recht, wenn man noch das Zubehör hinzuzählt) als die Switch, ebenso die Software. Von daher stellt die Switch meiner Meinung nach noch keine Alternative zum 3DS dar.
In den nächsten 2 bis 3 Jahren kann sich das aber ändern, falls Nintendo eine kompaktere/günstigere Version der Switch bringt (Switch Mini?) oder einen direkten Nachfolger zum 3DS (evtl. auch auf Tegra-Basis).
Die E³ wird sicherlich ein erster Indikator dafür sein, wie es mit dem 3DS weitergeht. Wenn Nintendo da kaum noch neues vorstellt, dürfte klar sein, dass er wohl ab 2018 langsam in den Ruhestand geschickt wird. Für mich kommen allerdings noch ein paar kleinere Highlights wie das Fire Emblem-Remake, Ever Oasis, The Alliance Alive und Dragon Quest XI (hier interessieren mich beide Versionen).
Wird aber auf jeden Fall davon abhängen, wie gut die Switch ankommt. Sollte sie ein großer Erfolg werden, vor allem in Japan, dürften viele 3rd-Party-Entwickler ihre Handheld-Games und deren Nachfolger dafür bringen, sobald die Hardware-Basis groß genug ist.
Wahrscheinlich wird es bei Nintendo aktuell so laufen, wie damals beim DS. Dieser war in der Tat nicht als Nachfolger des GBA geplant, Nintendo hatte sogar schon die Pläne für einen GBA2 in der Schublade. Nach dem überraschend großen Erfolg des DS hat man alle Pläne für einen GBA-Nachfolger begraben und stattdessen mit dem DS die Handheld-Sparte weitergeführt. Das heißt, Switch ein Erfolg = ggf. mobilere Version die komplett auf Handheld getrimmt ist, wenn nicht so ein großer Erfolg, dann "richtiger" 3DS-Nachfolger (wie auch immer dieser letztendlich aussehen wird).